跨蛋白质组学管道(TPP)项目的分析

2019-05-17 16:50 来源:http://www.nj178.cc

说实话,我不知道TPP项目的目的是什么。据我所知,这是一套工具,可以帮助研究蛋白质及其在生物体中的相互作用。然而,这并不重要。 重要的是它们的源代是开放的。这意味着我可以使用PVS-Studio静态分析仪检查它们。我非常喜欢。

因此,我们检查了Trans-Proteomic Pipeline(TPP)版本4.5.2项目。要了解有关该项目的更多信息,请参阅以下链接:

源代;:TPP;西雅图蛋白质组中心:TPP Wiki。

我们不会写关于我们分析的每个项目。它必须具有一些突出的特征,以便我们对其分析进行报告。否则,找到错误的描述将是无聊的。例如,项目必须是众所周知的,或者包含某个类的许多错误,无论如何。通常,某些类型的缺陷在项目中占主导地位。在TPP的情况下,几乎没有重复错误。它们多种多样 - 这就是使项目更加出色的原因。

我应该注意,许多错误不是指TPP项目本身,而是指用于处理XML的库。但是,当文件处理不正确时,我认为程序的错误或XML库的错误是否有任何区别。这就是为什么我不会指定这个或那个bug引用的项目的哪个部分。再也不说了。让我们看看我们有什么有趣的样本。

我担心肽比较

不幸的是,我不知道肽是什么。告诉我,这些是通过肽键连接的氨基酸单体的短聚合物。可以预见的是,TPP有一个名为Peptide的类,而后者又有一个比较运算符。它通过以下方式实现:

 bool Peptide :: operator ==(Peptide&p){...for(i = 0,j = 0;?i  stripped.length(),j 

PVS-Studio:V521使用','运算符的这种表达式很危险。确保表达式正确。 tpplib peptide.cpp 191

请注意,两次比较之间有逗号运算符','。逗号运算符返回表达式右侧的表达式的值。这意味着只检查一个条件:“j

 for(i = 0,j = 0;?i  stripped.length()&& j 

在Peptide :: strippedEquals()方法中犯了同样的错误。我担心这些肽:)。

文件路径中的奇数斜杠

当一个人处理程序中的文件路径时,人们可能经常希望路径在末尾有一个斜杠\或/。为此目的,以下代用TPP编写:

 bool TandemResultsParser :: writePepXML(....){...char c = pathSummary.at(pathSummary.length() -  1);if(c!='\\'|| c!='/'){if(pathSummary.find('\\')!= string :: npos)pathSummary.append( “\\”);其他pathSummary.append( “/”);}...} 

PVS-Studio:V547表达式'c!='\\'|| c!='/''总是如此。可能应该在这里使用'&&'运算符。 Tandem2XML tandemresultsparser.cxx 787

如果仔细观察“if(c!='\\'|| c!='/')”条件,您会看到印刷错误。条件总是如此。 'c'变量将不等于'\\'或不等于'/'。因此,文件路径末尾可能会出现两个斜杠。这个错误也许并不重要,但却令人不快。

这是正确的条件:

 if(c!='\\'&& c!='/')肽分析错误

考虑用于在字符串中查找“PI”子字符串的代片段:

 class basic_string{...size_type find(const _Elem * _Ptr,size_type _Off = 0)const...}void Pipelineysis :: prepareFields(void){...if(peptideProphetOpts_.find(“PI”,0)> = 0){fields_.push_back(场( “PpI_zscore”));}...} 

PVS-Studio:V547表达式'peptideProphetOpts_.find(“PI”,0)> = 0'始终为真。无符号类型值始终> = 0. pepXMLViewer pipelineysis.cxx 1590

std :: string :: find()函数使用不正确。如果找不到子字符串,则find()函数返回值string :: npos。请注意,此值具有无符号类型。

同时,在程序中假设如果未找到子字符串,则find()函数应返回负数。这绝不会发生。 “peptideProphetOpts_.find(”PI“,0)> = 0”条件始终为真,因为无符号值始终> = 0。

因此,无论'peptideProphetOpts'字符串实际包含哪些数据,都将标记

说实话,我不知道TPP项目的目的是什么。据我所知,这是一套工具,可以帮助研究蛋白质及其在生物体中的相互作用。然而,这并不重要。 重要的是它们的源代是开放的。这意味着我可以使用PVS-Studio静态分析仪检查它们。我非常喜欢。

因此,我们检查了Trans-Proteomic Pipeline(TPP)版本4.5.2项目。要了解有关该项目的更多信息,请参阅以下链接:

源代;:TPP;西雅图蛋白质组中心:TPP Wiki。

我们不会写关于我们分析的每个项目。它必须具有一些突出的特征,以便我们对其分析进行报告。否则,找到错误的描述将是无聊的。例如,项目必须是众所周知的,或者包含某个类的许多错误,无论如何。通常,某些类型的缺陷在项目中占主导地位。在TPP的情况下,几乎没有重复错误。它们多种多样 - 这就是使项目更加出色的原因。

我应该注意,许多错误不是指TPP项目本身,而是指用于处理XML的库。但是,当文件处理不正确时,我认为程序的错误或XML库的错误是否有任何区别。这就是为什么我不会指定这个或那个bug引用的项目的哪个部分。再也不说了。让我们看看我们有什么有趣的样本。

我担心肽比较

不幸的是,我不知道肽是什么。告诉我,这些是通过肽键连接的氨基酸单体的短聚合物。可以预见的是,TPP有一个名为Peptide的类,而后者又有一个比较运算符。它通过以下方式实现:

 bool Peptide :: operator ==(Peptide&p){...for(i = 0,j = 0;?i  stripped.length(),j 

PVS-Studio:V521使用','运算符的这种表达式很危险。确保表达式正确。 tpplib peptide.cpp 191

请注意,两次比较之间有逗号运算符','。逗号运算符返回表达式右侧的表达式的值。这意味着只检查一个条件:“j

 for(i = 0,j = 0;?i  stripped.length()&& j 

在Peptide :: strippedEquals()方法中犯了同样的错误。我担心这些肽:)。

文件路径中的奇数斜杠

当一个人处理程序中的文件路径时,人们可能经常希望路径在末尾有一个斜杠\或/。为此目的,以下代用TPP编写:

 bool TandemResultsParser :: writePepXML(....){...char c = pathSummary.at(pathSummary.length() -  1);if(c!='\\'|| c!='/'){if(pathSummary.find('\\')!= string :: npos)pathSummary.append( “\\”);其他pathSummary.append( “/”);}...} 

PVS-Studio:V547表达式'c!='\\'|| c!='/''总是如此。可能应该在这里使用'&&'运算符。 Tandem2XML tandemresultsparser.cxx 787

如果仔细观察“if(c!='\\'|| c!='/')”条件,您会看到印刷错误。条件总是如此。 'c'变量将不等于'\\'或不等于'/'。因此,文件路径末尾可能会出现两个斜杠。这个错误也许并不重要,但却令人不快。

这是正确的条件:

 if(c!='\\'&& c!='/')肽分析错误

考虑用于在字符串中查找“PI”子字符串的代片段:

 class basic_string{...size_type find(const _Elem * _Ptr,size_type _Off = 0)const...}void Pipelineysis :: prepareFields(void){...if(peptideProphetOpts_.find(“PI”,0)> = 0){fields_.push_back(场( “PpI_zscore”));}...} 

PVS-Studio:V547表达式'peptideProphetOpts_.find(“PI”,0)> = 0'始终为真。无符号类型值始终> = 0. pepXMLViewer pipelineysis.cxx 1590

std :: string :: find()函数使用不正确。如果找不到子字符串,则find()函数返回值string :: npos。请注意,此值具有无符号类型。

同时,在程序中假设如果未找到子字符串,则find()函数应返回负数。这绝不会发生。 “peptideProphetOpts_.find(”PI“,0)> = 0”条件始终为真,因为无符号值始终> = 0。

因此,无论'peptideProphetOpts'字符串实际包含哪些数据,都将标记

说实话,我不知道TPP项目的目的是什有没有单职业的传奇手游么。据我所知,这是一套工具,可以帮助研究蛋白质及其在生物体中的相互作用。然而,这并不重要。 重要的是它们的源代是开放的。这意味着我可以使用PVS-Studio静态分析仪检查它们。我非常喜欢。

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我应该注意,许多错误不是指TPP项目本身,而是指用于处理XML的库。但是,当文件处理不正确时,我认为程序的错误或XML库的错误是否有任何区别。这就是为什么我不会指定这个或那个bug引用的项目的哪个部分。再也不说了。让我们看看我们有什么有趣的样本。

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请注意,两次比较之间有逗号运算符','。逗号运算符返回表达式右侧的表达式的值。这意味着只检查一个条件:“j

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这是正确的条件:

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考虑用于在字符串中查找“PI”子字符串的代片段:

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同时,在程序中假设如果未找到子字符串,则find()函数应返回负数。这绝不会发生。 “peptideProphetOpts_.find(”PI“,0)> = 0”条件始终为真,因为无符号值始终> = 0。

因此,无论'peptideProphetOpts'字符串实际包含哪些数据,都将标记

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我应该注意,许多错误不是指TPP项目本身,而是指用于处理XML的库。但是,当文件处理不正确时,我认为程序的错误或XML库的错误是否有任何区别。这就是为什么我不会指定这个或那个bug引用的项目的哪个部分。再也不说了。让我们看看我们有什么有趣的样本。

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请注意,两次比较之间有逗号运算符','。逗号运算符返回表达式右侧的表达式的值。这意味着只检查一个条件:“j

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因此,无论'peptideProphetOpts'字符串实际包含哪些数据,都将标记

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我应该注意,许多错误不是指TPP项目本身,而是指用于处理XML的库。但是,当文件处理不正确时,我认为程序的错误或XML库的错误是否有任何区别。这就是为什么我不会指定这个或那个bug引用的项目的哪个部分。再也不说了。让我们看看我们有什么有趣的样本。

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PVS-Studio:V521使用','运算符的这种表达式很危险。确保表达式正确。 tpplib peptide.cpp 191

请注意,两次比较之间有逗号运算符','。逗号运算符返回表达式右侧的表达式的值。这意味着只检查一个条件:“j

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在Peptide :: strippedEquals()方法中犯了同样的错误。我担心这些肽:)。

文件路径中的奇数斜杠

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 bool TandemResultsParser :: writePepXML(....){...char c = pathSummary.at(pathSummary.length() -  1);if(c!='\\'|| c!='/'){if(pathSummary.find('\\')!= string :: npos)pathSummary.append( “\\”);其他pathSummary.append( “/”);}...} 

PVS-Studio:V547表达式'c!='\\'|| c!='/''总是如此。可能应该在这里使用'&&'运算符。 Tandem2XML tandemresultsparser.cxx 787

如果仔细观察“if(c!='\\'|| c!='/')”条件,您会看到印刷错误。条件总是如此。 'c'变量将不等于'\\'或不等于'/'。因此,文件路径末

尾可能会出现两个斜杠。这个错误也许并不重要,但却令人不快。

这是正确的条件:

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考虑用于在字符串中查找“PI”子字符串的代片段:

 class basic_string{...size_type find(const _Elem * _Ptr,size_type _Off = 0)const...}void Pipelineysis :: prepareFields(void){...if(peptideProphetOpts_.find(“PI”,0)> = 0){fields_.push_back(场( “PpI_zscore”));}...} 

PVS-Studio:V547表达式'peptideProphetOpts_.find(“PI”,0)> = 0'始终为真。无符号类型值始终> = 0. pepXMLViewer pipelineysis.cxx 1590

std :: string :: find()函数使用不正确。如果找不到子字符串,则find()函数返回值string :: npos。请注意,此值具有无符号类型。

同时,在程序中假设如果未找到子字符串,则find()函数应返回负数。这绝不会发生。 “peptideProphetOpts_.find(”PI“,0)> = 0”条件始终为真,因为无符号值始终> = 0。

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